Дополнительные вступительные испытания, которые абитуриенты сдают при поступлении в МГУ-ППИ, будут зачитываться в оба университета (МГУ в Москве и МГУ-ППИ)?

Нет, эти ДВИ учитываются только в МГУ-ППИ. Наоборот, вы можете сдать вступительный экзамен в МГУ, а затем написать заявление с просьбой зачесть его результаты как вступительное испытание в МГУ-ППИ.